EES讨论第三期|演化的生态位构建理论——生物与环境互为因果

自Julian Huxley划时代的《演化:现代综合》(1942)问世以来,现代综合演化论(the Modern synthesis)一直在无数的批评、重申与阐述下蓬勃发展[1],并深刻地影响了人们看待生物界的视角。在此基础上,扩展演化综论(Extended evolutionary synthesis, EES)并不寻求提出理论革新,而是引导对容易被主流视角忽略现象的思考和研究。

例如,在涉及生物和环境的关系时,演化生物学家们或许习惯于做“远因”与“近因”的区分,并以“基因与环境制造表型,环境筛选有利表型,种群基因频率改变”的方式叙事。而扩展演化综论者认为,这样的叙事会让人习惯性地以基因为中心思考,并将环境作为一成不变的背景板或竞技场,而忽略了生物是环境的重要组分,而前者又处于动态的变化和交互之中。此外,生物对环境的积极修改,通常会放大有利于自己生存的因素——这使得生物“构建”的环境与自然环境存在系统性差异。

(有关扩展演化综论的更多主张,见【EES讨论第一期】)

本期讨论围绕扩展演化综论对生物和环境关系的看法展开。在开始破题前,首先需要明确我们在谈论什么概念,以避免不必要的,语义上的争执——那就是,什么是生物,什么是环境?

 

通常,当我们关注某一生物个体,环境便可以被简单定义为“该个体本身以外的一切非生命理化因素和生物因素”。因此,我们事实上只需讨论一个问题,即什么是生物个体,或称“有机体”?

“有体”:动态的物质与功能整体

一只猫同一块石头,或一块肥肉的区别是显然的。通过对照,我们可以归纳出“活”的有机体具有的一系列特征,如“结构完整性”“遗传均质性”“新陈代谢”“响应刺激”“生长繁殖”“适应和改变环境”等。其中,前两条强调了“个体性”[2],后几条则定义在该个体上。

“不努力就会变成玩物”:猫咪和肥肉并不总是那么容易界定

(图源:刘虹均)

 

但是,放眼生命之树的其他部分,我们会发现,界定有机体处于哪一层级其实并不容易[3]。

例如,巨大的远洋水螅类生物管水母[4]通常被认为是成千上万分工明确的“个体”组成的群体;但是这些“个体”由共肉(coenosarc)物理连接,共享消化道,且因克隆生长而具有相同的遗传物质,又可以被视为具有特殊器官发育模式的个体。还有之前讨论过的社会性昆虫【“我即是虫群”?以“超个体”的视角看待蚁群】,它们同管水母一样,都被某些学者称作“超有机体”[5][6]。

左侧为生活状态的管水母,“体长”可达数十米;右侧为群体端部的泳钟体[7],以及重复的身体结构的前一小段[4]

除了这些在好几个组织层次上似乎都可以作为有机体的生物,还有在每个层次上都不适合作为有机体的生物[2],比如从形态到遗传物质都非常动态的真菌[8][9]。

判断物质属于有机体还是环境同样会面临问题。如骨骼无疑会被认为是有机体的一部分,那外骨骼,外壳,一路过渡到无关生命维持的分泌物和附属物[10],也是如此吗?如果全部都算,那寄居蟹的壳和白蚁的巢恐怕也会被混为一谈了。

这些思考看起来是琐碎的,但它启发我们,有机体不仅是一个物质整体,也是功能整体;功能系统是一个广义的演化对象。在大多数时候,我们直观地使用有机体的概念,不会面临任何问题;但需要注意这个概念是动态与发展的

从化学演化到最初的细胞,“生命分子”们经历了从环境物质到有机体组分的转变[11];从原核生物到真核生物,原先自由生活的细胞一起构成了更庞大复杂的整体;从单细胞到多细胞[12][13],生物在宏观尺度对“无尽之形”作了最壮美的诠释;在个体之上,还有无数精巧到让人怀疑演化真实性的种间互作现象[14][15],以及“超个体”与社会涌现出的个体无法企及的复杂行为[16]……笼统来说,有机体与环境系统的有利互作会在自然选择下强化,当互作双方和互作方式可以被编码在遗传里,它们就可能整合为复杂度更高的有机体的部分[17]。这一切无时无刻不在自然界上演着[18]。

这提示我们,研究有机体与环境首先要明确关注的对象与层次。扫清障碍后,我们便可以向生态位构建理论进发了。

人们早已认识到,生物会“智慧”地改造自然界。例如,河狸会用木、石和泥制造结构精巧、规模庞大的水坝,并世代继承维护,在给自己建后花园的同时,也为一大批沼泽生物创造了生境;大白蚁亚科(Macrotermitinae)物种会建造具有温湿度调节功能的土丘,通过改造土壤,搬运水分,改变地貌等方式,深度参与了某些稀树草原的环境塑造[19];织布鸟科(Ploceidae)物种能用草茎编织巧夺天工的悬挂式“别墅”;雨林树冠层的凤梨(Bromeliaceae)会用紧密排列的防水叶片,在叶心处积水以保存高空中稀缺的水和养料[20],也为众多蛙类和无脊椎动物提供了栖息地……

河狸和水坝

生态位构建为统一生态与演化而生

对这些现象,以基因为中心的视角也作出过解释。这种视角在George C. Williams,WD Hamilton和Richard Dawkins等人的影响下逐渐丰满起来,并由后者所著的《自私的基因》(1976)和《扩展表型》(1982)等,变得家喻户晓。按照“自私的基因”观点,代际之间保持稳定的是基因,因此自然选择实际上作用于基因层面,而生物体的其他表现,从生理状态到行为,甚至于操纵别的生物所表现出的行为,都可以视为基因的表型。

例如,蛾子因基因表现出黑色或白色,鸟因基因而偏好筑黑色或白色的巢,这些性状都影响了承载基因的生物体的生存,因此,鸟巢可以算作鸟的“扩展表型”。

这套理论可以帮助理解从转座基因到上述环境改造案例在内的一系列现象的演化基础,但它仍有局限性。

例如,它把环境和有机体混为一谈,有时很难界定一个基因“表型扩展的边界”在哪里;它把基因间的互作过于简化,而河狸“筑坝”、白蚁“筑巢”这样的行为,恐怕很难归因于几个具体基因;它把没有直接反馈于基因的生命活动影响视为“副产物”,因此对某些实际上深刻影响地球演化进程的过程——如蓝绿藻在20多亿年前制造的“大氧化事件”——视而不见。

理查德·道金斯(Richard Dawkins),畅销书《自私的基因》的著者

因此,一批科学家开始致力于将生态学中“以有机体为中心”的视角,以及多年研究积累的丰富鲜活的案例,带入演化的理论框架。

其中,生态位构建理论(Niche construction theory, NCT)是一次重要尝试。

生态位是生态学中的重要概念。自1917年首次提出以来,它历经众多争论,但核心可以被简单概括为:能维持种群(或个体、物种)持续存在的生物和非生物环境因素[21]

而同样的因素也左右着物种的演化。在《生态位构建》(2003)一书中,John Odling-Smee将生态位的演化效应称为“演化生态位”,并将其重新表述为:影响某个种群的选择压的总和[22]

作为生态系统中能动而重要的组分,生物时刻在改变着自己或他人的环境,也即自己或他人的选择压。因此,生态位构建被定义为:造成与有机体互作环境发生改变的生命活动[22][23][24]。这里的有机体,不一定是该生命活动的主体;这里的互作环境改变,也不一定是通过复杂“构建物”来实现的,从迁徙到发育,都可以包含在内。

在这个定义下,讨论“什么属于生态位构建”似乎成了令人乏味的事:因为一个生物体几乎光是存在,就或多或少地参与生态位构建了。

John Odling Smee,2003年《生态位构建》的著者之一。但生态位构建的核心,即生物改造环境的思想,由来已久

那如此包罗万象的理论框架,有什么存在价值呢?它至少有两方面启发:强调了生物学中“互为因果”的思考方式;提示我们明确看问题的层次。

生态位构建带来了什么?

  1. 互为因果

    作为现代综论代表人物之一的Ernst Mayr曾以鸟类迁徙为例,指出理解一个生物现象需要区分其“远因”与“近因”[25]。“远因”解释了该现象为何如此,一般从演化的角度阐述其生物学意义;“近因”解释了该现象何以如此,一般从发育、行为角度阐述其实现机制。该思维模式对后世影响深远。

    但扩展演化综论者认为,Mayr的这种区分,容易让人忽视“近因”对“远因”的影响。在他的鸟类迁徙案例中,“远因”涉及季节更替带来的环境变化,这确实不会被鸟类的迁徙行为改变;但在某些案例中,“近因”对“远因”的反作用是不可忽视的

    如鸟类复杂的求偶行为和夸张的附属构造,是雄鸟表型与雌鸟的喜好因适合度而协同变化的结果,并非雌鸟的偏好先出现,并从无到有“设计”了雄鸟的性状。除了性选择,类似的案例在协同演化、栖息地选择、频率依赖的选择等情境中不胜枚举[26]。因此,生物性状与选择压“互为因果”,即演化的“原因”与性状一起演化,应当是更普遍而有用的视角。

    雄性蓝极乐鸟(paradisaea rudolphi)。这些华丽的鸟类,或许也突破人类的想象力了吧

    生态位构建的框架,为关注这些“互为因果”关系中一度被忽视的“反作用”的研究领域提供了生长空间。

    在远因-近因的区分下,发育结果(表型)才是重要的,表型是基因的映射,演化生物学家可以将发育视为黑箱,直接在基因和演化之间建立联系。而识别了生物对选择压的反作用后,发育偏好性和发育可塑性将直接影响演化轨迹。

    例如,传统的理论会将非洲三湖慈鲷的趋同演化视为相似环境压力的结果,但慈鲷祖先的发育基础显然也起了作用。如一种“厚嘴唇”的趋同表型,可能是慈鲷侧扁的身形、吞吸式觅食方式与充满缝隙的碎石堆环境互作的结果;沿着类似的思路,或许能最终解释为什么湖中其他鱼类,没有经历大规模适应性辐射。

    A.在忽视表型对环境反作用的情形下,环境如何随时间演化至此成了系统的外部变量,缺乏生物学意义。生物的性状影响下一代性状的方式只剩下遗传物质。因此,在研究演化时,发育可以被视为黑箱。B.扩展演化综论强调发育和行为对环境的反作用[26],从而将发育和生态的事实纳入进来。

    文化遗传也是一种生态位构建。人类发展为农耕文明后,生活环境和生产方式发生巨大变化,包括定居,食用驯化后的动植物等等。这种文化,一方面放松了对某些基因的选择,一方面加强了对淀粉消化、蛋白代谢等方面基因的选择。

    然而,文化遗传通常伴随着后天学习行为,这对神经系统的复杂程度提出了要求,因而不能随意套用。比如,对种植真菌的大白蚁来说,“农业”更多地是一种编码于神经连接组内的本能行为,是无数代个体与环境互作并得到选择固定的结果。而人类的学习,相当于在一代时间内,利用个体与周遭环境(包括其他个体)的互作在脑内建立经验模型[27],大大提升了人的适应性。

    通过基因遗传的行为性状(A)与通过文化遗传的行为性状(B)共同演化(C)。这里为了简洁而省略了与环境的交互。

    可见,扩展演化综论的一系列主张,从生态位构建,到发育偏好,表型可塑性,再到包括文化遗传在内的“包容性遗传”【EES讨论第二期】,是紧密联系,不可分割的。其背后的核心理念,便是“互为因果”——要求科学家们以一个更全面的视角,审视这个在紧密联系中不断演进的自然界。

 

层次

正如开篇所提到的,生态位构建启发我们重新审视“有机体”和“环境”的定义与关系,并惊讶地发现,这个视角的适用性是如此之广。

比如,癌细胞可以被视为细胞层面的“有机体”,而促进血管新生,创造具有低氧、免疫抑制等条件的肿瘤微环境,就属于它的“生态位构建”。事实上,不同个体独立发展出的肿瘤拥有一系列“综合征”(hallmarks of cancer),本身便是适应与“趋同演化”存在的证据[28][29]。或许有人无法接受体细胞作为“有机体”的视角,认为它不过宿主短暂一生中的副产物,那不妨看看袋獾(Sarcophilus harrisii)中通过撕咬而传播的面部肿瘤吧[30][31]——只要能找到适宜的环境,演化的洪流便势不可挡。

结语

如果绘制这样一片适合度景观:xy代表不同性状的度量构成的“表型平面”,z轴代表该表型下,某有机体在某环境中的适合度,那么传统演化识别的是该有机体被自然选择推向高点的过程。

而扩展演化综论则要我们更多地注意到,这片景观还有其它性质:它就像蹦床一样,是随生物的移动而运动的(生态位构建);生物向不同方向运动是有难易差别的(发育偏好性和可塑性)……对这片景观的匆匆一瞥不可能抓住它的所有性质,但一代又一代耕耘于各个领域的生物学家,将在探索中发现越来越不起眼的细节,并拼凑出有关演化——这场奇迹般的盛大演出的宏伟图景。

在两次迁入事件中重复演化出飞行退化表型的白喉秧鸡[32](Dryolimnas cuvieri,左上),和作为适应辐射案例而为人熟知的达尔文雀(左下)。它们是叙述传统演化故事的完美对象

在这场有关扩展演化综论的变革中,没有理论的对立,只有看问题的不同视角。虽然无论如何,具体的工作仍将继续[33][34],但关于这些视角的梳理与思辨,或许总会在某一时刻,照亮那些我们“知道”但未曾注意过的事实

EES讨论第二期|浅谈扩展演化综论中包容性遗传的观点

· 传统演化论和扩展演化综论对于遗传的定义有什么不同?
· 接纳扩展演化综论对遗传的新定义对我们演化研究又有什么影响呢?

从1928年肺炎双球菌转化实验,到1958年DNA半保留复制的证实,传统的生物学理论告诉我们,DNA是遗传物质。维基百科对遗传(Heredity)的定义,认为生物学上的遗传仅包括基于基因的遗传信息代际传递。

Heredity, also called Inheritance or biological inheritance, is the passing on of traits from parents to their offspring; either through asexual reproduction or sexual reproduction, the offspring cells or organisms acquire the genetic information of their parents. 

     引自维基   

传统演化论(Standard evolutionary theory, SET)正是在此基础之上建立的。SET的观点认为:物种受到自然选择,导致基因频率发生改变,进而影响生命演化的历程,而只有当配子中的遗传物质发生了变化,才可以产生稳定遗传的性状。因此,SET认为基因是遗传的主体。而扩展演化综论EES的观点是,遗传是inclusive的,它广泛包容了一切可以从上一代传递到下一代的性状,包括但不限于亲代影响 (parental effect)、文化遗传 (cultural inheritance)、生态遗传 (ecological inheritance)、表观遗传 (epigenetic inheritance)(Danchin et al., 2011)。  

亲代影响

亲代影响指的是父母对后代表型的影响,而这种影响与后代自身的基因型无关。比如鸟类通过卵中的抗体、酶、激素等影响胚胎发育。

除了通过生物因子影响下一代,亲代影响还可以是通过亲代的照顾行为影响下一代的发育。

在一项研究中,研究者设计了一种母性照顾行为缺陷的家系。该家系中,F0代的母本小鼠存在Pep3+/-的基因缺陷,会导致个体对子代的母性照顾不足。实验结果表明如果子代受到的母性照顾不足,会诱发新事物恐惧症。而新事物恐惧症会导致子代雌性小鼠在繁殖第一胎时出现母性照顾不足的情况,进而使得下一代又出现新事物恐惧症(Curley et al., 2008)。

小鼠家系图

实验结果表明F1代小鼠存在母性照顾缺陷

文化遗传

文化遗传在人类演化相关研究中是一个比较经典的话题,一个典型例子就是欧洲人种饮用乳制品的文化和乳糖水解酶相关基因的演化间的演化关联。

在EES的观点中,文化遗传可以扩展到动物中,但这需要对文化进行一个重新定义。Danchin等人提出了自然科学研究中的文化定义(Danchin & Wagner, 2010)。文化是符合以下四点的动物行为:

1. To be cultural a trait must be socially learned. (通过社会学习获得)

2. Socially learned information must be transmitted across generations or, more generally, from older to younger individuals. (能够代际传递)

3. The effect of social learning must be expressed for sufficient time to allow younger individuals to learn it. (持续时间足够长)

4. Individuals must generalize social information by using it in new contexts. (具有一定可扩展性)

文化遗传的一个例子是缟獴(Mungos mungo)的觅食生态位遗传。缟獴是非洲的一种群居动物,幼年个体在觅食的时候,往往会有某个父母以外的护送者陪同,这实际上就是一种社会学习的过程。通过对缟獴胡须碳氮同位素的测定估计不同缟獴之间的觅食生态位(foraging niche)差异,研究者发现缟獴在青年和成年期,觅食生态位和它们的护送者更为接近。这说明缟獴的觅食生态位取决于其幼年时期跟随的护送者的生态位,而非自己父母的,进而反映了一个事实:缟獴的觅食生态位是通过社会学习而非基因在代际之间的传播的。这一过程也正符合Danchin等人提出的”文化“概念,是一种典型的文化遗传。

缟獴觅食生态位的社会学习(Sheppard et al., 2018)

生态遗传

正如达尔文所指出的,个体改变环境的能力可以影响他们的适应性,从而改变作用在他们身上的选择压力。在某些情况下,这些环境的变化会持续足够长的时间,并被后代继承,同时在很大程度上影响物种演化。这些非基因遗传的环境变化称为生态遗传

例如,一代又一代的蚯蚓通过挖洞,将分解的有机物质与无机物质混合在一起,从根本上永久性地改变了土壤的结构和营养成分。这不仅有利于植物的生长,同时这也反过来影响了蚯蚓生理结构的演化(Danchin et al., 2011)。

进行环境建设的蚯蚓

表观遗传

目前相较于文化遗传、生态遗传等,表观遗传是EES观点中接受度较高的一部分内容,已经有大量的实验验证表观遗传修饰可以在数十代间及以上传递。

一项研究表明,线虫当中小干扰RNA介导的病毒沉默效应可以以非孟德尔方式遗传,通过杂交RNAi通路缺陷和RNAi通路完善的线虫,再自交后选择后代中RNAi通路缺陷的线虫进行观测,发现由于在遗传过程中线虫继承了亲本的viRNA,所以即使自身不具备完善的RNAi能力,但同样可以通过viRNA干扰病毒复制的过程,从而产生病毒抗性。这样的病毒抗性至少在五十代后仍然可以观测到。

获得性病毒抗性的跨代遗传(Rechavi et al., 2011)

SET和EES之争,核心问题之一是:遗传是否应当重新被定义这些我们不确定能否稳定遗传从而影响物种演化的因素,是否应该被包含进遗传的范畴?

如果我们接受EES的观点,将这些内容视作遗传,那么许多与之相关的学科都将受到巨大影响。例如在群体遗传学方面,需要考虑更多基因频率之外的因素,比如文化遗传、生态遗传等。但是,这些方式对性状的改变程度又难以估计,这将会给研究者带来巨大的挑战。

同时,接纳EES观点将很大程度上影响我们对性状起源的认知,如基因型和环境压力谁先谁后的问题:在传统SET观点之下,一般认为是先有多种基因型,在环境压力下,不适应环境的个体被淘汰,而适应环境的个体被保留。长此以往,一些通过自然选择筛选的基因被固定下来。而如果接纳了EES的观点,那么可能认为是先有环境压力,在动物通过一些创新行为适应环境的过程中积累变异,得到不同基因型,再逐步筛选得到和环境匹配的基因型。

SET的支持者认为,遗传并不需要被重新定义,只有基于DNA的信息传递才能被认为是遗传。他们认为,EES支持者们所举出的例子,要么不能在自然条件下稳定遗传,要么归根结底还是以基因为中心的,因此,当前的遗传定义仍然是适用的,不需要进行修改。

要解决这个问题既不能参考维基百科,也不能因任何人对遗传下的定义而得出答案。在未来的研究中,我们将会不断重新审视、评估这些因素给演化带来的影响,从而确定遗传是否应当接纳EES所描述的这些inclusive的内容,亦或坚持SET的观点保持不变,但这一切必将是漫长而又值得期待的探索。

EES讨论第一期|扩展演化综论——关于演化的争论波涛再起

2022年6月28日《卫报》的一篇名为「Do we need a new theory of evolution? 」的报道[1],将关于演化论的讨论推向了舆论的风口浪尖。中文互联网社区也有了相关的转载,并极具煽动性地以“我们是否需要一种新的进化论?”为标题,传播得极为广泛,评论区的讨论尤为热烈。

朱利安·赫胥黎和其所著的现代演化综论

文章中所要“推翻”的演化论,是被演化生物学家广泛接受的传统演化论(Standard evolutionary theory, SET)。传统演化论以现代演化综论(Modern Synthesis, MS)为核心,理论以基因为中心,将改变基因频率的事件视为演化过程。

现代演化综论(MS)出现在二十世纪上半叶,由演化生物学家Julian Huxley整理融合了当时达尔文的自然选择,群体遗传学和孟德尔遗传等理论而成,该理论为演化生物学提供了主要的概念框架[2]。在传统的演化论中,认为影响演化的四大因素分别为:突变(Mutation),自然选择(Natural selection),遗传漂变(Genetic drift)和基因流动(Gene flow)

现代演化综论(MS)的主要内容和出现过程

 

近几十年来,以现代演化综论(MS)为核心的传统演化论(SET)指引了演化生物学的快速发展,取得了巨大的成功。然而,近年来越来越多生物学领域的新发现促使部分学者认为传统演化论需要补充新的内容并纠正一些缺陷。这些领域包括社会生物学、发育生物学、表观遗传学、微生物学、基因组学、水平基因转移等。

2007年纽约市立大学研究生中心的Massimo Pigliucci首次提出了对现代演化综论(MS)进行扩展的想法。他重新审视了传统演化论(SET)中包含和不包含的各种要素与它们之间的相对重要性,认为现代演化综论(MS)并不完善,一些新的要素需要被添加进演化理论,例如表型可塑性,可演化性,表观遗传和生态位建设等等[3]。2010年,他又与维也纳大学的Gerd B. Müller一起出版了《演化,扩展综论》(Evolution, the Extended Synthesis)一书[4],该书如今被认为是扩展演化综论(EES)的起点

《演化,扩展综论》及两位作者

目前,扩展演化综论(EES)的支持者们已经组建了一个跨国跨学科的联盟。该联盟包括来自八个顶尖大学的51名世界知名专家,由圣安德鲁大学的Kevin Laland教授和隆德大学的Tobias Uller教授领导。关于该联盟组建的目的,Kevin Laland说到:“我们并不寻求用扩展演化综论(EES)取代传统的演化理论,而是希望EES能与SET共存,一起促进演化生物学的发展。

目前,扩展演化综论(EES)的支持者们将其重新梳理为两个核心思想和四个焦点话题

  • 1

扩展演化综论的核心思想

构造性发育

constructive development 

SET一般认为发育过程严格按照遗传程序进行的,发育过程中对环境的反应也是被预先设计好的。这种对于发育的认识有时被称为程序化发育(programmed development)[5]。EES支持者们所认为的发育过程是更加不确定的,更加积极的。EES认为:虽然,发育过程十分依赖遗传信息,但不完全由其决定;生物体在发育过程中会不断响应外界环境变化,同时也不断反馈甚至改变外部环境。这是一个探索性的过程[6]

程序化发育(programmed development)和构造性发育(constructive development)的模式图

例如,循环系统神经系统的发育很好地体现了发育过程的探索性。循环系统的形状是根据各组织对氧气的需求构建的而不是遗传信息预先确定的。同样,神经系统的发育依赖于轴突的探索。肌肉纤维最开始总是能接触到多个神经元的突触,随后的突触竞争过程会加强某些神经元的连接而弱化其他的。这个过程中充满了不确定性,是无法预先被遗传确定的,但却决定了肌肉神经的最终形态和分布。

肌肉组织内的神经纤维

发育过程的积极性探索性对于生命演化来说是非常重要的,具有建设性的意义。因为构造性发育可以根据遗传或者环境变化不断出现新的表型,这些表型将成为自然选择的新对象,并可能促进适应和多样化过程。

三湖慈鲷的构造性发育导致了它们变化无穷的表型和典型的适应性辐射[7]

相互因果关系

Reciprocal causation 

SET的观点认为生物演化的唯一原因是来自环境的自然选择。而生物发育过程中对环境的响应(发育可塑性)以及对环境的改变(生态位建设)都被视为自然选择作用下的不断循环的响应过程。而EES认为这些过程都是驱动生物演化过程的原因,与自然选择具有同等重要的地位。因此,发育中的生物体不仅仅是演化的产物,也是演化的原因,即生物-环境系统中的因果关系本质上是相互的

传统演化论(SET)和扩展演化综论(EES)关于生物与环境的关系示意图

  • 2

拓展演化综论的焦点话题

F1

发育偏好性

Developmental Bias

按照传统的演化理论,由于基因突变是随机发生的,因此性状变异也不会偏好任何特定方向。然而,许多生物学家怀疑,表型变异可能并不随机。某些特征总是比其他特征更容易、更频繁地出现。这被称为发育的偏好性(Developmental Bias)。

非洲坦噶尼喀湖和马拉维湖的慈鲷可以很好地阐述这一概念。慈鲷在两个湖泊内分别独立地发生了适应性辐射演化。虽然同一湖泊内的物种遗传上密切相关,但每个物种均在另一湖泊内存在表型上十分相似的物种(平行演化的大规模发生)。值得注意的是,其中有些性状比其他性状更具有可塑性,例如不同的下颌形状和牙齿形态将有利于对不同的栖息地和食物的利用。这一例子表明慈鲷可能特别擅长利用生态环境产生新的变异,从而导致物种形成和适应演化。此外,有些表型出现的难度明显高于其他表型,这种发育偏好会限制这些表型的演化。例如两个湖中的慈鲷都没有演化出具有夜行性、鳗体型或者掠食性的鱼类。

非洲坦噶尼喀湖和马拉维湖内慈鲷的表型多样性[8]

在偏瞳蔽眼蝶(Bicyclus anynana)翅膀上眼点的大小和颜色的拮抗选择现象,也可以进一步证明发育偏好性的存在:对于眼点一大一小的选择很快就能产生效果,然而一金一黑的选择却很难出现[9]。显然,发育过程中对于不同选择的响应速度和强度也是不同的。此外,诸如哺乳动物牙齿的数量和形态、动物四肢、手指和躯干的节段数量等都体现了发育偏好性的在自然界的广泛存在。

偏瞳蔽眼蝶翅膀眼点的大小和颜色的拮抗选择

发育可塑性

Developmental Plasticity

发育可塑性是生物在环境条件变化时改变表型的能力,可塑性通过形态和行为的补偿性调整,帮助发育过程在面对环境波动时的稳健性。近年来,人们越来越多地认识到发育可塑性在演化过程中的作用。例如,促进物种产生、适应性辐射、并解释适应峰位移。

有科学家将发育过程在演化过程中的作用比作隐性遗传变异(cryptic genetic variation)的电容(隐性遗传变异指的是不会改变表型的变异)。正常情况下,生物的发育过程中会不断积累隐性变异,这也是积累发育可塑性的过程。当环境发生变化时,这些隐性变异就会表现出来,就像是电容释放电荷的过程。上面这种环境诱导的新表型会在几个时代的时间内微调并稳定下来,例如暴露在高捕食者压力下的水蚤会发生颜色丢失,颜色丢失一开始是具有可塑性的,然后会逐渐固定下来[10]。这个过程称为遗传顺应(genetic accommodation),是促进快速演化的重要机制。

捕食者暴露下水蚤表型的发育可塑性和环境适应[10]

后来科学家进一步认为祖先物种的发育可塑性可能是后代物种性状多样性的起源,这被称为“柔性茎(flexible stem)”假说。

加拉帕斯雀可能是支持这个假说的一个例子。这种雀非常善于探索和占有新的生态位,或者说具有高度创新性。它们也因此具有很高的表型多样性,这被认为是来源于祖先种群的高发育可塑性[11]。

    加拉帕斯雀的表型多样性[11]

鱼类和两栖动物中某些类群的高物种多样性与发育过程中的高可塑性有关[12]

包容性遗传

Inclusive Inheritance

除了传统意义上的遗传物质也就是基因或者DNA以外,还有其他的生物因子也是可以跨世代传递的,这些因子的传递可能是持续在整个发育过程中的,不仅仅只有通过生殖细胞传递这一种方式。这种观点被概括为包容性遗传(Inclusive Inheritance)[13]。

物质和信息可以通过生殖细胞之外的途径遗传和继承[14]

首先通过受精卵传递的不仅仅是DNA,例如细胞器、酶、激素、抗体和转录因子都可以通过受精卵传递给发育中的胚胎,并影响后代的表型,甚至成为受到选择的新变异的来源。一些表观修饰化学物质也可以附着在DNA或者染色体上跨代传递,例如DNA和组蛋白甲基化乙酰化修饰基团等。

各种各样的蛋

此外,来源于母体的微生物组可以主动或者被动地传递给后代,影响后代地发育、形态和抵抗力。例如:蜣螂育雏球内的母体微生物组对于幼虫地正常发育非常重要,特别是外界环境比较恶劣地情况下[15]。包容性遗传还包含文化传承。文化传承指的是通过交流、模仿、教学和学习来存储和传递非物质信息。它发生在从蚂蚁到人类的许多动物身上[16]。生态遗传也被认为是包容性遗传的一种。有些物种的亲代会改造生活环境并将其传递给后代。例如寄居蟹居住的贝壳大多数情况下都是从亲代那里继承来的,并且已经经过了亲代的改造[17]。

包容性继承的典型例子——蜣螂(母体微生物)、碎米荠(表观修饰)艾草榛鸡(学习行为)和生态遗传(寄居蟹)

生态位建设

Niche construction

几乎所有生物都有积极地参与所在生态位的构建的特性[18]。比较著名的例子包括,海狸会在河里筑起水坝、沙漠中的自灌溉植物可以创造一个迷你绿洲、珊瑚礁为各种各样的海洋生物提供栖息地,还有蓝藻这样用数百万年改造了整个地球生态环境的极端例子。

生态位建设的典型例子——海狸建设的水坝(左上)、自灌溉的沙漠大黄(右上)、珊瑚礁生态系统(左下)和蓝藻改造早期地球生态系统(右下)

生物的生态位建设反过来对生物造成选择压力的改变。因此生态位建设和自然选择之间存在反馈关系。适应是一个双向过程。

EES理论体系中环境和生物演化之间的关系

写在最后

SET认为表型的演化是在突变、选择、漂变和基因流的驱动和影响下进行的。而EES认为发育偏好性和生态位建设先于突变、选择、漂变发挥作用,并影响它们的作用,因而可以引导演化的方向

SET和EES对表型演化过程的理解存在区别

围绕着两个核心思想和四个焦点话题,EES的支持者们总结出了12条与SET相悖的对演化现象和过程的预测。限于篇幅原因,本文不对它们进行一一介绍。生命演化研究中心将组织四至五次关于EES和SET核心区别的讨论会,会上的重要内容也会以科普文章的形式在本公众号上发布,欢迎感兴趣的读者与我们积极讨论,我们会仔细阅读回复每一条留言。

扩展演化综论(EES)与传统演化论(SET)的主要区别

动态|生命演化研究中心第六次例会

研究员刘昊轩

首先介绍了如何通过将建立累积突变株系的方法来检测作用在表型性状上的自然选择,并且介绍了将此方法应用在突变率上的工作,这个工作表明突变率受到稳定选择(stabilizing selection)的作用。

第二部分介绍了关于重组模式,尤其是基因转换方面的研究。

最后分享了自己的未来科研计划。

 

博士生陈光霁

分享了他在鸟类基因组内solo-LTR的相关研究,介绍了solo-LTR形成的机制与影响,展示了solo-LTR在鸟类物种基因组内与爬行类、哺乳类物种相比差异显著。

另外,在雀形目鸟类基因组中观察到特定类型的solo-LTR存在增长的现象。

中心老师、同学针对分享中的问题与疏漏给了一些指导性建议。

 

生信分析工程师毕旭鹏

以“早期辐鳍鱼类揭示脊椎动物登陆的分子机制”为题,介绍到脊椎动物祖先首次登陆之前,许多对脊椎动物登陆至关重要的肺、心脏和运动功能的遗传调控网络就已经存在了,这为新性状的出现和后续的跨越式演化提供了重要的功能基础。

并且,基于物种演化过程的比较分析,为揭示生物复杂性状形成机制提供了重要手段,也为生物医学研究提供了有力工具。

我们还讨论了中心建设二三事

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科研助理(实验类)(刘昊轩组)

职位要求:

  1. 本科或以上学历,生物或医学等相关专业背景,熟悉酵母实验,哺乳动物细胞实验,分子克隆,新一代测序技术相关样品处理及建库技术,等实验技术者优先;
  2. 动手能力强,能主动对实验技术进行优化者优先;
  3. 工作细心、踏实肯干,热爱科研工作,有责任心和上进心;
  4. 身体健康,善于沟通,具有团队协作精神;
  5. 有良好的英语阅读和写作能力。

岗位职责:

  1. 建立及优化实验室关键技术流程;
  2. 辅助实验室研究课题的开展;
  3. 完成课题组交办的其他相关工作;
  4. 项目管理。

申请材料:

  1. 个人简历(包括学习,工作和研究经历);
  2. 其他证明本人能力的相关材料。
  3. 3. 1-2封推荐信发送至haoxuan@edu.cn

岗位待遇:

  1. 新录用人员的人事管理方式按浙江大学相关规定执行(本科年薪8万起,硕士年薪12万起,另外根据绩效发放年终奖),择优录取,具体待遇面议;
  2. 享受五险一金。

邮箱发送至 haoxuan@zju.edu.cn, 注明“姓名+应聘技术员”

科研助理(信息类)(刘昊轩组)

职位要求:

  1. 大学本科及以上学历,生物信息、数学和计算机等方向,熟悉Linux系统,熟练掌握R,perl 等计算机语言和生物统计;
  2. 有算法开发和机器学习方法的优先考虑;
  3. 工作细心、踏实肯干,热爱科研工作,有责任心和上进心;
  4. 身体健康,善于沟通,具有团队协作精神;
  5. 有良好的英语阅读和写作能力。

岗位职责:

  1. 建立及优化基因组学、大数据处理的关键技术流程;
  2. 辅助实验室研究课题的开展;
  3. 完成课题组交办的其他相关工作。

申请材料:

  1. 个人简历(包括学习,工作和研究经历);
  2. 其他证明本人能力的相关材料。
  3. 3. 推荐信1-2封直接发送到haoxuan@edu.cn

岗位待遇:

  1. 新录用人员的人事管理方式按浙江大学相关规定执行(本科年薪8万起,硕士年薪12万起,另外根据绩效发放年终奖),择优录取,具体待遇面议;
  2. 享受五险一金。

邮件发送至 haoxuan@zju.edu.cn, 注明“姓名+应聘生物信息工程师”。

 

 

科研助理(实验类)

岗位要求:

  1. 本科或以上学历,生物或医学等相关专业背景,熟悉酵母实验,哺乳动物细胞实验,分子克隆,新一代测序技术相关样品处理及建库技术,等实验技术者优先;
  2. 动手能力强,能主动对实验技术进行优化者优先;
  3. 工作细心、踏实肯干,热爱科研工作,有责任心和上进心;
  4. 身体健康,善于沟通,具有团队协作精神;
  5. 有良好的英语阅读和写作能力。

岗位职责:

  1. 建立及优化实验室关键技术流程;
  2. 辅助实验室研究课题的开展;
  3. 完成课题组交办的其他相关工作;
  4. 项目管理。

申请材料:

  1. 个人简历(包括学习,工作和研究经历);
  2. 其他证明本人能力的相关材料。
  3. 3. 1-2封推荐信发送至haoxuan@edu.cn

岗位待遇:

  1. 新录用人员的人事管理方式按浙江大学相关规定执行(本科年薪8万起,硕士年薪12万起,另外根据绩效发放年终奖),择优录取,具体待遇面议;
  2. 享受五险一金。

邮箱发送至 haoxuan@zju.edu.cn, 注明“姓名+应聘技术员”

博士后(刘昊轩组)

职位要求:

具有遗传学、演化生物学、分子生物学、细胞生物学等相关博士学位,有志于长期从事科学研究,并取得出色的科研成果。有流利的英文写作和表达能力,曾在国际杂志以第一作者发表文章。具有独立的思考和缜密的逻辑思维,敢于探索新方法和技术。具有以下专长之一申请者优先考虑:

  1. 比较基因组学、生物信息学、演化生物学、遗传学背景;
  2. 具有出芽酵母或哺乳动物细胞的培养和基因编辑等相关实验的经验。

岗位职责:

  1. 开展独立的课题研究;
  2. 协助PI指导研究生科研工作;
  3. 撰写项目申请书、文章、及项目报告等;
  4. 协助PI开展本科及硕士相关教学。

申请材料:

  1. 简历及主要研究成果介绍;
  2. 代表性论文及本人对每篇文章的主要贡献;
  3. 未来职业设想及博士后期间研究设想;
  4. 推荐信2-3封(直接发送到haoxuan@zju.edu.cn)及推荐人联系方式。

岗位待遇:

  1. 提供国际化研究环境,多学科交叉环境;
  2. 参与重大研究计划和国际协作研究计划,与国际相关领域顶尖学者建立合作,提供国际交流机会;
  3. 课题组经费充足,提供宽松和自由探索的科研环境;
  4. 按照浙江大学博士后管理规定,提供专业的科研指导和具有竞争力的待遇(浙大附属医院企业博后:年薪40万元;浙大医学院学科博后:年薪22-32万元);年薪均包括个人和单位所交纳的五险一金;可按学校相关规定,申请校内住房;
  5. 充分支持受聘人员参与申请学校博士后基金和国家自然科学基金。支持参加海内外学术交流活动;
  6. 其他福利待遇根据应聘人员资历从优提供。

邮箱发送至 haoxuan@zju.edu.cn, 邮件标题注明“姓名+应聘博士后”